Šumava je největším národním parkem v ČR, který chrání nejrozsáhlejší horské smrčiny a smíšené horské lesy, nejrozlehlejší horská vrchoviště zde nazývané slatě, nejzachovalejší středoevropskou říční nivu ve Vltavském luhu a mnoho dalších významných biotopů, které jsou domovem velkého počtu rostlinných i živočišných druhů, z nichž některé zde tvoří poslední životaschopné populace v rámci střední Evropy.

Těsně před vstupem České republiky do EU v roce 2004, kdy finišovaly práce na mapování a vyhodnocení výskytu evropsky významných biotopů, si jen málokdo plně uvědomoval, že se Česká republika jako nový členský stát zavazuje respektovat evropská pravidla ochrany přírody.

Téměř po celou dobu existence Národního parku Šumava probíhají vzrušené diskuse o jeho zonaci. Někdy méně, jindy více vyhrocená vyjádření profesionálních ochranářů, státních úředníků, vědců, představitelů nevládních organizací, novinářů, politiků a dalších laiků jsou nerozlučně provázena otázkou, zda se má zasahovat či nezasahovat proti kůrovci v cenných jádrových zónách, a vytvářejí dojem, že hlavním problémem parku je zonace. Z horečných rozprav se již dávno vytratil fakt, že zonace není cílem, ale velmi důležitým nástrojem ochrany přírody.¹

Bezprostředním impulzem k napsání tohoto textu byl seminář Současnost a budoucnost výzkumu biodiverzity, pořádaný 24. května 2010 Ministerstvem životního prostředí v Městské knihovně v Praze. Seminář proběhl v rámci tzv. týdne pro biodiverzitu a jeho cílem bylo nejen popsat současný stav výzkumu biodiverzity, ale diskutovat i širší vazby, jako jsou propojení výzkumu s jeho aplikací, institucio­nální zajištění, systém a zajištění finančních zdrojů apod.

Úvodem je třeba říci, že v poslední době hojně diskutované téma jsme v článku nazvali záměrně tak, jak bývá toto dilema obvykle vnímáno. V následujícím textu se pokusíme ukázat, že věc je poněkud složitější a stavět proti sobě biodiverzitu a procesy není zcela správné. Nejedná se samozřejmě o téma zcela nové, ale v souvislosti s rozšiřováním Evropské unie směrem na východ nabývá na významu.