V roce 2000 byl zahájen projekt mapování biotopů ČR. Hlavním smyslem bylo vytvoření odborného podkladu pro navrhování evropsky významných lokalit (EVL) pro přírodní stanoviště v soustavě Natura 2000. Mapování probíhalo do roku 2004 (v roce 2005 byly některé dílčí problémy řešeny v rámci tzv. rektifikací) a jeho výsledkem je vrstva mapování biotopů ČR (dále jen VMB), která přináší celoplošnou informaci o výskytu a stavu přírodních biotopů na území naší republiky (podrobněji viz Härtel et al. 2009) a její současné využití je podstatně širší než původní účel. Data z VMB jsou využívaná zejména pracovníky veřejné správy, řadou komerčních subjektů (např. pro zpracování odborných posudků a publikací) a studenty vysokých škol. VMB je významným zdrojem nejen údajů o aktuální vegetaci ale také pramenem floristických dat, která se převádí do Nálezové databáze ochrany přírody (NDOP); zapsáno bylo již několik milionů údajů.