Rok 2011 přinesl na Lednických rybnících několik změn. Skončila platnost předchozího plánu péče a na základě vyhodnocení dosavadního vývoje byl připraven na následující období plán nový. Na podzim pak byla uzavřena nájemní smlouva s novým nájemcem celé soustavy. Cílem změn je zajistit dobrý stav předmětu ochrany této výjimečné národní přírodní rezervace, zřízené za účelem ochrany a zabezpečení odpovídajících stanovištních a potravních podmínek pro vodní a mokřadní ptáky, udržení a zlepšení stavu mokřadních ekosystémů mělkých rybníků, na ně vázané flóry a fauny i celkového stavu krajinného rázu.

Pro zajištění praktické péče o přírodu a krajinu využívá Agentura přírody a krajiny (AOPK) ČR kromě národních dotačních zdrojů (zejména Programu péče o krajinu; PPK, Programu obnovy přirozených funkcí krajiny; POPFK) i evropské dotační tituly, zejména Operační program Životní prostředí (OP ŽP), z něhož čerpá nebo bude čerpat finanční prostředky na projekty investičního i neinvestičního charakteru, např. na rekonstrukce a obnovy rybníků, budování návštěvnické infrastruktury, vzdělávací internetový portál, inventarizace a mapování druhů a území Natury 2000 v kompetenci MŽP, zpracování souhrnu doporučených opatření (SDO) pro evropsky významné lokality (EVL), aktualizace územního systému ekologické stability (ÚSES) a managementová opatření ve zvláště chráněných územích (ZCHÚ).

V roce 2002 Agentura ochrany přírody a krajiny ČR ve spolupráci s Českou společností ornitologickou dokončila odborný návrh ptačích oblastí (PO) v České republice, který zahrnoval 41 území. Ne vždy snadný proces jejich vyhlašování byl završen v listopadu 2009, kdy byly vládními nařízeními vymezeny poslední dvě PO: Českobudějovické rybníky a Dehtář. K ochraně 41 druhů přílohy I směrnice o ptácích (79/409/EHS) a dalších pravidelně se vyskytujících stěhovavých druhů ptáků je tak nyní konečně vytvořena kompletní soustava území. Vymezením ptačích oblastí však pochopitelně celý proces nekončí; stát se především zavázal, že nedojde k poklesu početnosti druhů, pro jejichž ochranu byly oblasti vytvořeny. Proto je vývoj jejich stavu pravidelně monitorován, výsledky jsou každých šest let formou zprávy předávány Evropské komisi a v případě potřeby je nutné přistoupit k provádění vhodných zásahů a opatření pro zlepšení stavu jejich populací a biotopů.